全身治疗在于缩短每次发作的病程，延长两次发作的间隔。治疗方法有中药调理、免疫制剂调理，胃肠道疾病和抗贫血治疗等。而且全身治疗要摸准原发病。如口腔鳞癌应尽快手术；口腔结核要注重抗结核治疗；口腔扁平苔藓、盘状红斑狼疮、白塞病等，应抓紧免疫治疗。同时，还要纠正咬唇、咬颊、咬舌等不良习惯，拔除残牙或改装不合适的假牙。所以，这一过程比较复杂，病人不能自行用药，应在医生指导下进行。
此外，中医认为口腔溃疡有虚实之分。一般，首次发作的口腔溃疡属于实证，来势凶猛，溃疡表面往往是黄色的，面积较大，首先在使用局部治疗用药，如最常用的桂林西瓜霜快速解决疼痛、促进溃疡面愈合的基础上，另外配合使用牛黄解毒丸等做调养。久发属于虚证，颜色往往是白色，面积不大，也需要使用局部治疗用药如桂林西瓜霜等快速解决疼痛，促进溃疡面愈合，再配合服用六味地黄丸等做调养。但中医辨虚实，涉及很多原则，普通老百姓较难掌握，最好听听医生的诊断。