国家质检总局曾对小包装烤鱼片进行抽查发现，产品抽样合格率仅为66.0%，大型企业的产品质量略高为83.3%，而无生产能力的小型分包装企业产品问题最严重。烤鱼片首先容易存在微生物指标超标的问题。国家曾经抽查发现，部分产品菌落总数超出标准限定上限值的16倍，可能会引起腹泻等疾病。
其次，亚硫酸盐含量超标。亚硫酸盐是一种食品添加剂，有漂白的功效。如果摄入过多，会影响人体对钙的吸收，B族维生素也将惨遭破坏。此外，烤鱼片主要是由淡水鱼和海鱼两类加工做成的，海鱼虽营养丰富，但海鱼骨含氟量极高。有测定表明，其氟含量是牛、羊、猪肉的2400多倍，是水果、蔬菜的4800多倍。如果每天摄取的氟超过4—6毫克，就会在体内积蓄起来，可引起慢性氟中毒。中国农业大学食品学院营养与食品安全系主任何计国表示，慢性氟中毒是一种以牙齿和骨骼损害为主，并波及心血管及神经系统的全身性疾病，会导致儿童形成氟斑牙，而成人则可能患上氟骨症。
那么，如何选择烤鱼片呢？专家提醒应做到以下几点：一是选购近期生产的产品。烤鱼片的保质期相对较短，尤其若存放在温度高的环境中易发生霉变；二是别一味求“白”。
非常白的烤鱼片可能使用了漂白剂或添加了淀粉类物质。好的烤鱼片一般呈黄白色、微黄色；三是买袋装别买散装的。散装的烤鱼片直接暴露在空气中，被细菌、灰尘等污染的机会也更大。即使是袋装的，开袋后也不宜放置过久。如果在食用时发现手感发黏，有异味的说明已变质不宜食用。