蛋白质用于维持婴幼儿新陈代谢，身体的生长及各种组织器官的成熟。所以这一时期处于正氮平衡状态。对蛋白质不仅要求有相当高的量，而且对质的要求也很高。母乳可以为新生儿提供高生物价的蛋白质，而人工喂养者由于蛋白质的质量低于母乳，所以，蛋白质的需要量高于母乳喂养者。母乳喂养时蛋白质需要量为每日每公斤体重2克;牛奶喂养时为3.5克;主要以大豆及谷类蛋白供给时则为4克。另外，婴幼儿的必需氨基酸的需要量远高于成人，同时由于婴儿体内的酶功能尚不完善，其必需氨基酸的种类也多于成人，即对于成人来说是非必需氨基酸，而对于婴儿来说是必需氨基酸，如半胱氨酸和酪氨酸。婴儿自身不能合成这些氨基酸，只能从食物中供给。动物性蛋白中必需氨基酸的质和量都强于植物性蛋白，母乳中的蛋白质都含有各种必需氨基酸，也包括半胱氨酸和酪氨酸在内。
新生儿新生儿不宜食用蛋白质粉，他们应选择蛋白质含量在10%～20%的奶粉。过量的蛋白质对婴儿无益甚至有害，可能出现腹泻、酸中毒、高渗性脱水、发热、血清尿素和氨升高等。