新生儿的免疫功能还未成熟，对病菌的抵抗力较弱；加上泪腺尚未发育完善，眼泪较少，不容易将侵入眼睛里的病菌冲洗掉。这样，就容易使病菌在眼部生长繁殖，引发结膜炎。
金黄色葡萄球菌、流感杆菌、淋球菌、肺炎球菌、大肠杆菌和沙眼衣原体等，是引起新生儿结膜炎的主要病菌。在出生时胎头需要经过母亲的阴道，如果阴道存在这些病菌感染，就容易使他们被感染，使其中一些孩子发生“新生儿结膜炎”。
新生儿的眼睛被病菌感染后，一般在出生后5-14天发病，表现为眼睑肿胀，结膜发红、水肿，同时眼睛有分泌物。分泌物一开始为白色，但可能会很快转为脓性，成为黄白色分泌物。先可能是一侧眼部感染，随着病情发展使另一侧眼睛也被感染。若未及时护理和治疗，炎症会侵犯角膜，日后影响视力发育。
从孕期开始预防。特别提醒的是，如果母亲在怀孕期间白带增多，并呈脓性，或是父亲感染了淋病，要立即去医院进行彻底治疗。这样，便可避免新生儿在出生时被淋病菌所感染，患上“新生儿淋菌性眼结膜炎”。该病在感染严重时可迅速侵犯角膜，治疗不及时会造成角膜穿孔，导致失明，对新生儿的健康危害极大。
新生儿出生后，马上使用眼药预防病菌感染。父母在护理时，一定注意保持双手及衣物清洁，千万不能随意用不干净的物品擦洗孩子的脸和眼。
如果孩子的眼睛发生了结膜炎，对所使用过的物品，特别是毛巾、手帕要进行煮沸、晾晒消毒。当眼部红肿明显、脓性分泌物过多及白眼球充血时，一定要及时去眼科诊治，不得延误。
眼部发生炎症时一定要注意进行正确护理。每次清除眼部分泌物时，切记先用流动的清水将手洗净，再将消毒棉签在温开水中浸湿后，轻轻擦洗新生儿眼部的分泌物。
如果睫毛上粘着较多分泌物，可用消毒棉球浸上温开水湿敷一会儿，然后换一个湿棉球从眼内侧向眼外侧轻轻擦试。要注意，一次用一个棉球，用过的棉球不能再用，直到擦干净为止。清洗完后，在医生指导下滴用抗生素眼药。