糖不耐受症
原发性双糖不耐受在出生后不久，宝宝便腹泻，原因是缺少双糖酶，使大量糖不能吸收，在肠道内形成渗透压增高，使大量水分吸收到肠腔中，形成腹泻。
继发性双糖不耐受更多见，是由于胃肠炎后肠黏膜受损，致使双糖酶缺乏。这种腹泻可持续数月。
对策：从食物中去除不耐受的糖。对原发性不耐受糖的宝宝，需长期限制糖，但年龄增长对碳水化合物不耐受会有所改善，此时可适当添加一些牛奶、淀粉和糖。对继发性不耐受糖的宝宝，限制糖仅是暂时的，经过数周或数月后，可以逐步恢复正常饮食。
牛奶过敏
牛奶是一种异性蛋白，其中一种乳球蛋白会损害小肠黏膜，是主要的过敏原。有些小宝宝对致敏的牛奶蛋白清除及处理功能较差，就会发生腹泻和腹痛。此时不停牛奶，腹泻就迁延不愈。
对策：从宝宝的食物中去除牛奶。由于羊奶和马奶也有交叉过敏反应，所以也不宜服用。如无母奶，可用豆奶、肉汤和酪蛋白水解物代替牛奶。也可改用代乳粉喂养，同时加辅食品，如蛋黄泥、菜泥、胡萝卜汁等，以后逐渐增加固体食品即可。对牛奶过敏也会随着年龄增大而减少，一般到了2岁后牛奶过敏巳很少见。在宝宝6个月后可给予少许牛奶以了解是否过敏，若无过敏症状可逐渐增加牛奶量。
菌群失调
当宝宝患了严重的感染性疾病或手术后抵抗力明显下降，若在此时应用大量广谱抗菌素或皮质激素治疗，使免疫功能低下，对抗菌素敏感的肠道内正常细菌受到抑制，而不敏感的致病菌就会大量繁殖引起长久的腹泻。
对策：停用所有的抗菌素及皮质激素，然后补充肠道正常菌种，以恢复肠道内微生态平衡，使正常菌种占据绝对优势。常用的有双歧杆菌、乳酸杆菌、粪链球菌等。
对麦类过敏
宝宝对大麦、小麦和黑麦中麸质（麦粉中的蛋白质）的抗原部分过敏，引起局部肠道过敏反应。当脂肪进入小肠后不易被肠壁吸收，遂从粪便中排出，造成持久的脂肪泻。 对策：停用所有含麦类的食品。初期应给予含果糖与葡萄糖的食物及脱脂牛奶。待病情好转逐渐增加蛋白质食品，如豆浆、瘦牛肉、鱼、鸡肉等。以后酌情增加淀粉及脂肪食品。如再次发生消化不良症状及腹泻，立即恢复初期食品。
营养不良
容易使腹泻迁延不愈，持久的腹泻又促进营养不良，这样互为因果，形成恶性循环，多见于人工喂养的宝宝。
对策：在医生的指导下，逐步形成良好的饮食习惯，针对性地进行营养补充，防止宝宝的饮食品种单一，增加蛋白质、脂肪的摄入量，适量补充含维生素类丰富的食物。
无论是秋季腹泻还是其他原因引起的慢性腹泻，都容易使宝宝体内失水，出现电解质紊乱。因此当食疗效果不明显时，一定要及时带宝宝去医院检查，进行必要的药物治疗。