母乳的定义为“健康新生儿最佳食品”，意味着在特殊情况下母乳并非最佳食品。暨南大学附属第一医院儿科副主任医师宋元宗说，有时母亲的身体状况也不适合母乳喂养。比如，当新妈妈感染巨细胞病毒、艾滋病毒、传染性结核病都不建议用母乳喂养，因病毒可传染给宝宝。此外，小部分宝宝也耐受不了母乳。
有些孩子得喝治疗奶粉
宋元宗说，出生体重在2500克以下，尤其是小于1500克的新生儿别称为“低出生体重儿”，这类孩子出生体重小但成长速度却很快，对他们来说，母乳中蛋白质成分不足，营养不够。如果还用母乳喂养会制造“大头婴”，得喂养配方特殊的“治疗奶粉”。
此外，少数宝宝因患有遗传性代谢疾病，对母乳中的某些成分“不耐受”，身体代谢不了，比如患有Citrin（遗传代谢病的一种）缺陷病的宝宝，对母乳中的脂肪不耐受，如果坚持母乳喂养，孩子会出现大便次数增多，大便油腻（脂肪泻）等情况，造成发育不良。该病一旦确诊也得采取特殊配方的“治疗奶粉”。
有的宝宝对母乳中的乳糖不耐受，比如患有乳糖不耐受症、半乳糖血症。还有的宝宝患有枫糖尿病、酪氨酸血症等这类儿童早期氨基酸代谢病，也不适宜母乳喂养。
因有些新生儿疾病没有被及时筛查出来，如果妈妈发现喝母乳的宝宝出现各种不适，各种异常，发育不良情况要及时上医院做疾病筛查，必要时及时中断母乳喂养。