常见的致畸因素包括微生物(如病毒)、药物和某些化学制剂、某些金属和放射性物质等。有资料表明，在致命因素中，药物约占1。5%，物理化学物质占1%；病毒及妊期疾病占1—3%，原因迄今末查明者占65%。值得注意的是，约20的致畸因素来源于父母的遗传性疾病而不是外环境的致畸因素。
畸形的类型取决于致畸因素的种类及其作用时期。例如风疹病毒主要导致白内障、耳聋和心脏畸形，而先天性巨细胞病毒主要损害中抠神经系统产生小头畸形或脑积水。
至于致畸因素的作用时期在往在怀孕早期(头三个月)，因为此时器官分化发育迅速，对外界致畸因素最敏感。当然不同的器官系统还有相应的致畸敏感期，例如神经系统为受精后15~77天，脑为受精后20~40天，眼为受精后24~39天，四肢为受精后24~46天，外生殖器为受精后36~98天等。
受精后8周胚胎完成了除神经系统和生殖器官以外的器官的分化进入胎儿期，对外界致畸因素的敏感性相对降低。到孕后12周，外界致畸因素的影响就更小一些。