造成胎停育的原因很多。
1、内分泌失调：
胚胎着床及继续发育依赖于复杂的内分泌系统彼此协调，任何一个环节失常，都可致流产。
胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，一个是雌激素，一个是孕激素，一个是人绒毛膜促性腺激素，作为母体来讲，自身的内源性激素不足，就满足不了胚胎的需要，就有可能造成胚胎的停育和流产。
其中最常见的是黄体功能不良，黄体功能不全可造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或早期妊娠流产。黄体功能不全者常伴有其他腺体功能异常，如甲状腺功能亢进或减退、糖尿病、雄激素相对增多症及高泌乳素血症等，这些因素均不利于胚胎发育，与流产密切相关。
2、免疫因素：
妊娠宫内的胚胎或胎儿实属同种异体移植，因为胎儿是父母的遗传物质的结合体和母体不可能完全相同。母--胎间的免疫不适应而引起母体对胎儿的排斥。
常见的自身免疫疾病为系统性红斑狼疮、硬皮病、混合性结缔组织病、皮肌炎等。其二是生殖免疫的问题，如果我们自身带某种抗体，就有可能影响胚胎的发育。
实际上抗体的检测每个医院是不太一样的，医生的观点也不太一样，从我们的研究的角度来说，认为影响因素有四个：
一个是抗精子抗体，如果要有的话，有可能会抵制精卵结合;
第二，是抗子宫内膜抗体，如果存在抗子宫内膜抗体的话，有可能会影响胚胎的发育，抵制胚胎的发育;
第三，是抗卵巢抗体，如果要有，会影响卵子的质量;
第四，是叫抗绒毛膜促性腺激素抗体，这个激素实际是精卵结合之后七天就要分泌的一个重要的激素，但是如果自身有这种抗体的话，就会抵制激素的分泌，就有可能造成胚胎的停育。
3、子宫异常：
子宫里的内环境和子宫整体的环境都有可能对胚胎有影响。
内环境就是子宫内膜，如果太薄、太厚都会影响着床。由于子宫缺陷引起的流产约占10%~15%，常见的有
(1)先天性苗勒氏管的异常包括单角子宫、双子宫及双角子宫致宫腔狭小，血供受到限制。子宫动脉发育异常可导致蜕膜化不同步和种植异常。